La pratique de zazen est le secret du Zen. Zazen est difficile mais pratiqué quotidiennement s'avère très efficace pour l'élargissement de la conscience et le développement de l'intuition. Zazen ne dégge pas seulement une grande énergie, c'est une posture d'éveil. Pendant sa pratique, il ne faut pas chercher à atteindre quoi que ce soit. Sans objet, il est seulement concentration sur la posture, la respiration et l'attitude de l'esprit.
Assis au centre du zafu, les jambes sont croisées en lotus ou demi-lotus. Si dans l'impossibilité, on croise les jambes simplement sans mettre un pied sur la cuisse, il convient néanmoins d'appuyer fortement sur le sol avec les genoux. Dans la position du lotus, les pieds pressent sur chaque cuisse des zones comprenant des points d'acupuncture importants correspondant aux méridiens du foie, de la vésicule et du rein. Autrefois, les samouraïs stimulaient automatiquement ces centres d'énergie par la pression de leurs cuisses sur le cheval.
Le bassin basculé en avant au niveau de la cinquième vertèbre lombaire, la colonne vertébrale bien cambrée, le dos droit, on pousse la terre avec les genoux et le ciel avec la tête. Menton rentré, et par là même nuque redressée, ventre détendu, nez à la verticale du nombril, on est comme un arc tendu dont la flèche serait l'esprit.
Une fois en position, on met les poings fermés (en serrant le pouce) sur les cuisses près des genoux, et on se balance de gauche à droite, le dos bien droit, sept ou huit fois en réduisant peu à peu le mouvement jusqu'à trouver la verticale d'équilibre. Alors on salue, les mains jointes devant soi, paume contre paume (gassho) à hauteur d'épaule, les avant-bras bien horizontaux. Il ne reste plus qu'à poser la main gauche dans la main droite, paumes vers le ciel, contre l'abdomen; les pouces en contact par leur extrémité, maintenus horizontaux par une légère tension, ne dessinent ni montagne ni vallée. Les épaules tombent naturellement, comme effacées et rejetées en arrière. La pointe de la langue touche le palais. Le regard se pose de lui-même à environ un mètre devant soi. Il est en fait porté vers l'intérieur. Les yeux, mi-clos, ne regardent rien - même si, intuitevement, on voit tout!